就在這時候，滿清開始崛起。萬曆四十五年，努爾哈赤以七大恨告天，發兵攻明，次年攻佔遼東重鎮撫順。明兵大敗，總兵官張承蔭戰死，萬餘兵將全軍覆沒，舉朝震駭。
四十七年，遼東經略楊鎬率明軍十八萬，葉赫（滿清的世仇）兵二萬，朝鮮（中國的屬國）兵二萬，兵分四路，大舉攻清。清兵八旗兵約六萬人，集中兵力，專攻西路一路。西路軍的總兵官杜松是明軍的勇將，平時最喜歡做的事，就是脫去衣衫，將滿身的纍纍刀槍瘢痕向人誇示。出兵之時，他脫去上身衣衫，在城中遊街，百姓鼓掌喝彩。
西路這一仗，稱為「薩爾滸之役」，明軍有火器鋼炮，軍火銳利得多。但杜松有勇無謀，他是統兵六萬的兵團司令，卻打了赤膊，露出全身傷疤，一馬當先的衝鋒。大概他是《三國演義》的讀者，很羨慕「虎癡」許褚的勇猛。在「許褚裸衣鬥馬超」這回書中，描寫許褚「卸了盔甲，渾身筋突，赤體提刀，翻身上馬，來與馬超決戰。」果然威風得緊。但不知他記不記得許褚這場狠鬥，結果是「操兵大亂，許褚背中兩箭」？有趣的是，小說的評注者評道：「誰叫汝赤膊？」
明清兩軍列陣交鋒之時，突然天昏地暗，數尺之外就甚麼也瞧不見了。杜松又犯了一個大錯誤，下令眾軍點起火把。這一來，明軍在光而清軍在暗，明軍照亮了自身，成為清兵的箭靶子。努爾哈赤統兵六旗作主力猛攻，他兒子代善和皇太極各統一旗在右翼側攻。結果杜松的遭遇比許褚慘得多，身中十八箭而死，當真是「誰叫汝赤膊？」總兵官陣亡，明軍大亂，六萬兵全軍覆沒。
努爾哈赤採取了「集中主力，各個擊破」的正確戰略，一個戰役、一個戰役的分開來打。明軍北路總兵官馬林、東路總兵官劉紝都大敗陣亡，朝鮮都元帥率眾降清。
劉紝是當時明朝第一大驍將，打過緬甸、倭寇，曾率兵援助朝鮮對抗日本入侵，大小數百戰，威名震海內。他所用的鑌鐵刀重一百二十斤，馬上輪轉如飛，天下稱為「劉大刀」。他的大刀比關羽的八十一斤青龍偃月刀還重了三十九斤。據說他能單手舉起一張擺滿了酒菜碗筷的柏木八仙桌，在大廳中繞行三圈。連杜松、劉紝這樣的驍將都被清兵打死，明軍將士心理上受到的打擊自然沉重之極，提到滿清「辮子兵」時不免談虎色變。
這場大戰是明清兩朝興亡的大關鍵，而勝敗的關鍵在於：第一、明方的主帥楊鎬是文官，完全不懂軍事。第二、明朝政事腐敗已達極點，連帶的軍政也廢弛不堪，軍隊久無訓練，完全沒有必要的軍事準備ヾ。
楊鎬全軍覆沒，朝廷派熊廷弼去守遼東。
萬曆四十六年七月，熊廷弼剛出山海關，鐵嶺已經失陷，瀋陽及附近諸城堡的軍民紛紛逃竄。熊廷弼兼程進入遼陽。經過神宗數十年來的百事不理，軍隊紀律蕩然，士無鬥志，騎兵故意將馬匹弄死，以避免出戰，只要聽到敵軍來攻，滿營兵卒就一哄而散。熊廷弼面臨的局面實在困難已極ゝ。軍餉本已十分微薄，但皇帝還是拚命拖欠，不肯發餉ゞ。
神宗見邊關上追餉越迫越急，知道挨不下去了，可是始終不肯掏自己腰包，結果想出了一個對策：再加田賦百份之二。連同以前兩次，已共加百份之九，然而向百姓多徵的田賦，未必就拿來發軍餉，皇帝的基本興趣是將銀子藏之於內庫。
邊界上的警報不斷傳來，群臣日日請求皇帝臨朝，會商戰守方略。皇帝總是派太監出來傳諭：「皇上有病。」吏部尚書趙煥實在忍不住了，上奏章說：「將來敵人鐵騎來到北京城外，陛下也能在深宮中推說有病，就此令敵人退兵嗎？」々神宗看了這道諷刺辛辣、實已近乎謾罵的奏章，只是心中懷恨，卻說甚麼也不肯召開一次國防會議。
神宗搜括的銀錠堆積在內庫，年深月久，大起氧化作用，有的黑得像漆，有的脆腐如泥土ぁ，就是不肯拿出來用。但他終於死了，千千萬萬的銀兩，一兩也帶不去あ。
神宗，神宗，真是「神」得很，神經得很！
ヾ崇禎時任大學士的徐光啟在《庖言》中說：滿洲人舊都北門，居住的大都是鐵匠，延袤數里。在當時那便是一個規模龐大的兵工廠組合了。因此滿洲兵的盔甲精良，頭盔、面具、護臂、護手，都是精鐵所製，馬匹的要害處也有精鐵護具。但明兵盔甲卻十分簡陋，除了胸背有甲之外，其餘部分全無保護。滿洲兵衝到近處，專射明兵的臉及脅，中箭必死。又據當時明人程令名說，努爾哈赤所居的都城「北門外則鐵匠居之，專治鎧甲；南門外則弓人、箭人居之，專造弧矢。」
ゝ熊廷弼於八月二十九日上書朝廷，陳述遼東明軍情況：「殘兵——身無片甲，手無寸械，隨營糜餉，裝死扮活，不肯出戰——點冊有名，及派工役而忽去其半；領餉有名，及聞警告而又去其半——將領皆屢次征戰存剩、及新敗久廢之人，一聞警報，無不心驚膽喪者——見在馬一萬餘匹，多半瘦損，率由軍士故意斷絕草料，設法致死，備充步兵，以免出戰，甚有無故用刀刺死者。——堅甲利刃，長槍火器，喪失俱盡。今軍士所持弓皆斷背斷弦，所持箭皆無羽無鏃，刀皆缺鈍，槍皆頑禿。甚有全無一物而借他人以應點者。又皆空頭赤體，無一盔甲遮蔽。——聞風而逃，望陣而逃，懼戰而逃。頃聞北關信息，各營逃者日以千百計。如逃止一二營或數十百人，臣猶可以重法繩之。今五六萬人，人人要逃。雖有孫吳軍令，亦難禁止。」
ゞ萬曆四十八年三月，熊廷弼上奏：「四十七年十二（疑為「一」字）月赴戶部，領餉二十萬兩，十二月領餉十萬兩，四十八年正月領餉十五萬兩，俱無發給——豈軍到今日尚不餓，馬到今日尚不瘦不死，而邊事到今日尚下急耶？軍兵無糧，如何不賣襖褲雜物？如何不奪民間糧窖？如何不奪馬料養自己性命，馬匹如何不瘦不死？而戶部猶漠然不一動念。」他說戶部猶漠然不一動念，是客氣的說法，漠然不動一念的，當然是皇帝自己。
々「他日薊門蹂躪，鐵騎臨郊，陛下能高拱深宮，稱疾卻之乎？」
ぁ戶科給事中官應震言：「內庫十萬兩內五萬九千兩，或黑如漆，或脆如土，蓋為不用朽蠹之象。」
あ中共考古工作者發掘帝皇墳墓，偏偏揀中了神宗的「定陵」，改建為博物館，稱為「地下宮殿」。